Nói chung, quang hợp là một quá trình lấy năng lượng từ ánh sáng và tạo ra các phân tử đường từ nước và carbon dioxide (CO_2). Quá trình này không đơn giản – nó khá phức tạp, thực hiện 2 giai đoạn chính:
Các phản ứng phụ thuộc vào ánh sáng. và
các phản ứng độc lập với ánh sáng.
Các phản ứng phụ thuộc vào ánh sáng là giai đoạn đầu tiên của quang hợp. Trong chúng, các photon bị bắt bởi các phân tử diệp lục, bắt đầu một chuỗi phản ứng gọi là chuỗi vận chuyển điện tử. Các sản phẩm cuối cùng là ATP và NADPH, với sự phân hủy của nước để tạo thành các phân tử O_2. Phản ứng mạng là
2 H_2O + 2 {NADP} ^ + + 3 {ADP} + 3 P_i → O_2 + 2 {NADPH} + 3 {ATP}
Cả NADPH và ATP đều có thể được sử dụng trong toàn bộ tế bào, nhưng chúng không thể thiếu đối với phản ứng không phụ thuộc vào ánh sáng: chu trình Calvin. Con đường này tồn tại trong tất cả các loài thực vật, và là loài đầu tiên tiến hóa (trong thời đại Cổ sinh và Mesozoi). “Chu trình” là một quy trình gồm nhiều bước:
CO_2 và Ribulose-1,5-Bisphosphate (RuBP) biến thành hai phân tử 3-Phosphoglic Cả (3PGA) thông qua tác dụng xúc tác của Ribulose-1,5-Bisphosphate Carboxylase / Oxygenase enzime (RuBisCO). (Nhân tiện, RuBisCO là protein có nhiều nhất trong lá – khoảng 50% trong số tất cả các protein hòa tan – và cũng có thể là protein dồi dào nhất trên hành tinh.) Bước này được gọi là con đường cố định C3.
3PGA được phosphoryl hóa thành 1,3-Bisphosphoglycerate (1,3BPGA) sử dụng ATP thông qua enzyme Phosphoglycerate Kinase.
1,3BPGA giảm thành Glyceraldhehyd 3-Phosphate (G3P) bằng NADPH thông qua Glyceraldhehyd 3-Phosphate Dehydrogenase.
G3P được đồng phân hóa thành Dyhydroxyacetone Phosphate (DHAP) bởi Triose Phosphate Isomerase.
Một phân tử của G3P và một phân tử DHAP được kết hợp thành Fructose-1,6-Bisphosphate (F1,6BP) thông qua Aldolase.
F1,6BP được chuyển đổi thành Fructose-6-Phosphate (F6P) và ion photphat thông qua Fructose-1,6-Bisphosphatase.
F6P có 2 nguyên tử cacbon được chuyển đến G3P nhờ enzyme Transketolase; F6P biến thành Erythrose-4-phosphate (E4P) và G3P thành Xylulose-5-Phosphate (Xu5P).
E4P và DHAP được kết hợp thành Sedoheptulose-1,7-Bisphosphate (S1,7BP) thông qua Aldolase.
S1,7BP được chuyển đổi thành Sedoheptulose-7-Phosphate (S7P) và ion photphat thông qua Sedoheptulose-1,7-Bisphosphatase.
S7P có 2 nguyên tử cacbon được chuyển đến G3P thông qua Transketolase; S7P biến thành Ribose-5-Phosphate (R5P) và G3P thành Xu5P.
R5P được chuyển đổi thành Ribulose-5-Phosphate (Ru5P) thông qua Phosphopentose Isomerase.
Xu5P được chuyển đổi thành Ru5P thông qua Phosphopentose Isomerase.
Ru5P được phosphoryl hóa thành RuBP bằng ATP thông qua Phosphoribulokinase. Bước này tạo lại RuBP được RuBisCO sử dụng để sửa CO_2.
(Các bước này không tuần tự, nhưng chỉ xảy ra đồng thời bị giới hạn bởi sự sẵn có của cơ chất enzyme cần thiết.) Nhìn chung, 3 CO_2, 9 ATP và 6 NADPH mang lại một G3P (cộng với 9 ADP, 9 P_i và 6 {NADP} ^ +). Hai trong số G3P được sản xuất có thể được chuyển đổi thành đường 6 carbon (như Fructose hoặc Glucose) thông qua một số enzyme tương tự được sử dụng trong chu trình. Các phân tử trung gian khác sử dụng cho tế bào là Riboses (để tổng hợp RNA và DNA) và các loại khác để tổng hợp aminoacid.
Tất cả các nhà máy thực hiện các phản ứng trên, nhưng các nhà máy C3 chỉ sử dụng các phản ứng này, trong khi các nhà máy C4 và CAM thêm một vài bước mới. Để hiểu lý do tại sao, cần phải nhận ra rằng RuBisCO không chỉ là một carboxylase (sử dụng CO_2), mà còn là một oxyase (sử dụng O_2). Khi nó hoạt động như một carboxylase, nó sẽ sửa một phân tử CO_2 thành RuBP như trên, tạo ra 2 phân tử 3PGA; nhưng khi hoạt động như một oxyase, nó cố định O_2 thành RuBP tạo ra một phân tử 3PGA và một phân tử Phosphoglycolate (PG) (hai trong số đó có thể được tái chế thành một phân tử 3PGA và một phân tử CO_2 thông qua quá trình phát quang, trong khi những loại khác có thể được sử dụng trực tiếp để sản xuất một số aminoaxit).
Ở mức CO_2 và O_2 trong khí quyển hiện tại và nhiệt độ mát (<30 độ C), khoảng 75% các phản ứng là cố định CO_2, nhưng ở nồng độ thấp hơn CO_2 hoặc nhiệt độ cao hơn chức năng oxy hóa của RuBisCO tăng. Ngoài ra, RuBisCO là một enzyme chậm: ở điều kiện bình thường, nó có thể xúc tác khoảng 3 đến 10 phản ứng mỗi giây cho mỗi phân tử enzyme, trong khi hầu hết các enzyme có thể xúc tác hàng ngàn phản ứng mỗi giây. Nói cách khác: phải mất 6 lần cố định CO_2 để tạo ra 2 phân tử G3P có thể chuyển đổi thành một phân tử đường C6; ở mức 3-10 cố định mỗi giây trên mỗi phân tử RuBisCO, tương đương với khoảng 1-2 phân tử đường mỗi giây trên mỗi phân tử RuBisCO. Khá chậm, bởi bất kỳ tài khoản.
Vì vậy, nếu RuBisCO là một loại enzyme chậm, kém hiệu quả, tại sao thực vật không phát triển thứ gì tốt hơn? Chà … Evolution không hoạt động theo cách đó. Như vậy, RuBisCO hoạt động hiệu quả như mọi khi – không có thay đổi nhỏ, dần dần trong cấu trúc aminoacid của RuBisCO sẽ làm tăng hiệu quả của nó và hầu hết các thay đổi sẽ làm giảm hoặc phá hủy chức năng của nó. Do đó, tiến hóa không có cách tăng cường để cải thiện enzyme mà không làm giảm khả năng sống của cây. Lưu ý rằng RuBisCO, hoặc một cái gì đó rất giống nó, lần đầu tiên xuất hiện trong các tế bào liên kết với nước (rất có thể là vi khuẩn lam hoặc tiền chất của chúng), trong đó độ hòa tan cao hơn nhiều so với O_2, và nhiệt độ nhẹ hơn so với trên đất khô, giúp tăng hiệu quả cho enzyme; và hãy nhớ rằng vào thời điểm đầu tiên trong lịch sử Trái đất, có rất ít hoặc không có oxy tự do trong khí quyển, vì vậy ái lực oxy đặc biệt của RuBisCO không quan trọng lắm. Vì vậy, RuBisCO đã bỏ đi mặc dù tính không đặc biệt và chậm chạp của nó, và các tế bào sử dụng nó có một lợi thế đáng kể so với những cái không có. Lợi thế đó lớn đến nỗi những sinh vật quang hợp nguyên thủy này và con cháu của chúng cuối cùng đã bơm rất nhiều oxy vào khí quyển, và do đó đã cho những người không quang hợp một cơ hội phát triển tuyệt vời bằng cách cho chúng những cách mới, hiệu quả hơn để lấy năng lượng từ các hóa chất hòa tan (và sinh vật khác, quang hợp hay không).
Thời gian trôi qua và một số vi khuẩn lam tiến hóa thành tiền chất của lục lạp, đã đi vào mối quan hệ cộng sinh với một số sinh vật nhân thực đơn bào và biến chúng thành tảo đơn bào, sau đó biến thành tảo đa bào – thực vật đầu tiên. Chúng sống ở biển và vẫn sử dụng RuBisCO, mụn cóc và tất cả, trong lục lạp có nguồn gốc từ vi khuẩn lam. Cuối cùng, vào thời đại Trung sinh, tảo tìm đường đến vùng đất khô cằn, nơi sự vắng mặt của động vật mang lại cho chúng một lợi thế lớn. Các động vật sau đó cũng tìm đường đến vùng đất khô ráo, đi theo các loài thực vật – chủ yếu là động vật chân đốt đã ăn tảo và nhiều loài sau đó đến động vật có xương sống. Tuy nhiên, tất cả các nhà máy đã sử dụng RuBisCO, về cơ bản không có thay đổi.
Cuối cùng, lượng oxy tăng đủ khiến các nhà máy bắt đầu phải gánh chịu hậu quả của sự thiếu chọn lọc của RuBisCO, nhưng sau đó thì đã quá muộn. Hệ sinh thái sau đó quá phức tạp để cho phép một sinh vật quang hợp đơn bào mới thử nghiệm hòa bình ở dạng cố định CO_2 mới: tất cả các sinh vật quang hợp đều đã có gen cho RuBisCO, hoặc bị tuyệt chủng do sự sống sót thuận lợi của chúng. .
Và như vậy nó vẫn còn, với tất cả các thực vật có cái được gọi là sự trao đổi chất C3. Với ánh sáng mặt trời và nhiệt độ vừa phải, và nồng độ CO_2 từ 200 ppm (phần triệu) trở lên, thực vật C3 sống và phát triển mà không gặp vấn đề gì. Nhưng chúng cần rất nhiều nước, vì chúng mất qua lá của chúng khoảng 97% lượng nước chúng lấy qua rễ của chúng (hãy nhớ rằng: thực vật tiến hóa ở biển, nơi không thiếu nước và do đó không có áp lực tiến hóa để tích trữ nó). Lúa, ví dụ, là một cây C3; và như đã biết, nó đòi hỏi một lượng lớn nước để phát triển tốt.
Mất nước là một vấn đề nghiêm trọng đối với tất cả các nhà máy, vậy tại sao một số trong số chúng không tiến hóa cách đóng khí khổng (các khu vực trong lá của chúng mở ra không khí) để giảm mất nước? Chắc chắn họ đã làm; nhưng điều đó cũng làm giảm lượng CO_2 và giải phóng O_2 vào khí quyển, dẫn đến giảm nồng độ CO_2 so với O_2 và do đó làm tăng phản ứng quang hóa và giảm hiệu quả quang hợp. Điểm mấu chốt: Cây C3 không phát triển tốt, hoặc ở tất cả, ở khu vực nóng, khô.
Làm thế nào để họ quản lý hiệu quả tăng lên? Bằng cách thêm một cơ chế cố định CO_2 khác vào RuBisCO đã thử và không hiệu quả. Họ không thay thế RuBisCO mà tăng cường chức năng của nó bằng cách hấp thụ CO_2 trong các tế bào trung mô (trong khí khổng), như trong các thực vật C3, nhưng vận chuyển phần lớn nó sang một lớp tế bào quang hợp bên trong khác gọi là vỏ bọc, trong đó nồng độ CO_2 cao hơn làm tăng hoạt động RuBisCO của họ. CO_2 được thu thập và vận chuyển qua con đường hai bước:
Pyruvate được chuyển đổi thành Phosphoenolpyruvate (PEP) thông qua Pyruvate Orthophosphate Dikynase, sử dụng phosphate vô cơ và ATP và giải phóng AMP và pyrophosphate vô cơ.
CO_2 được gắn vào PEP để tạo Oxaloacetate thông qua PEP Carboxylase. Enzim này có ái lực với CO_2 lớn hơn RuBisCo và có ái lực với O_2 thấp hơn nhiều; do đó, hầu hết CO_2 sẽ được cố định ở dạng Oxaloacetate bởi enzyme này.
Hai bước này luôn giống nhau cho tất cả các nhà máy C4, nhưng vì quá trình trao đổi chất C4 đã phát triển hơn một lần nên các chi tiết của các bước vận chuyển thay đổi theo 3 cách chính:
Oxaloacetate bị khử thành Malate, được đưa vào các tế bào bó vỏ, khử carboxyl thành Pyruvate và CO_2 được sử dụng để lái RuBisCO. Pyruvate sau đó được đưa trở lại các tế bào trung mô. Biến thể này được gọi là con đường NADP-ME và di chuyển axit xung quanh.
Oxaloacetate được chuyển thành Aspartate, được đưa vào các tế bào bó vỏ, được chuyển trở lại thành Oxaloacetate, sau đó được khử thành Malate và khử carboxyl trở lại Pyruvate và CO_2. Pyruvate sau đó được chuyển sang Alanine, được đưa trở lại các tế bào trung mô và được chuyển trở lại thành Pyruvate. Biến thể này được gọi là con đường NAD-ME và di chuyển các aminoaxit xung quanh.
Một sự tái hợp của cả hai tàu con thoi vận chuyển có thể hoạt động cùng một lúc. Trong trường hợp này, một tàu con thoi là Oxaloacetate, đến Malate, để bọc các tế bào bó, tới Pyruvate (và CO_2), tới Alanine, trở lại tế bào mesophyl, đến Pyruvate. Con thoi thứ hai là Oxaloacetate, đến Aspartate, để bọc các tế bào bó, tới Oxaloacetate, PEP (và CO_2), đến các tế bào trung mô. Biến thể này được gọi là con đường PEPCK, và trung tính hơn so với hai tàu con thoi trước đây vì sự vận chuyển của cả các phân tử axit và cơ bản giúp điều chỉnh pH. Lưu ý rằng tàu con thoi kép này giúp vận chuyển một lượng CO_2 lớn hơn và cũng tiết kiệm chi phí năng lượng của một PEP sang Pyruvate để chuyển đổi PEP;.
Mặc dù tương tự nhau, các chi tiết sinh hóa và giải phẫu của 3 con thoi khác nhau do sự tiến hóa độc lập của chúng. Tuy nhiên, họ sử dụng (và tái mục đích) các con đường sinh hóa có sẵn trong các tế bào C3 để thu giữ, cố định, vận chuyển và giải phóng CO_2 để tăng đáng kể sự kết hợp CO_2 xung quanh RuBisCO trong các tế bào bó vỏ, và do đó tăng hiệu quả của chúng. Trong mọi trường hợp, sự đổi mới chính là sự phát triển của các tế bào trung mô chuyên biệt trong đó PEP Carboxylase cố định hiệu quả CO_2 thành PEP.
Và cuối cùng, các nhà máy CAM. CAM là viết tắt của Crassulacean Acid Trao đổi chất (được đặt tên cho các cây Crassulaceae nơi nó được phát hiện lần đầu tiên) và chủ yếu tiến hóa để tiết kiệm nước trong điều kiện khô cằn, mặc dù ít nhất 4 chi là thủy sinh (trong trường hợp này sự tiến hóa được cho là không bị thiếu nước nhưng do hạn chế CO_2). Bất kể chúng phát triển như thế nào, cơ chế của chúng rất giống nhau và không dựa trên việc xáo trộn CO_2 giữa các tế bào khác biệt như trong thực vật C4, mà là mở và đóng khí khổng và lưu trữ CO_2 trong chính các tế bào.
Các nhà máy CAM tuân theo chu trình 2 giai đoạn: vào ban đêm, khi nhiệt độ thấp hơn và sự bốc hơi giảm, các nhà máy CAM mở khí khổng, cho phép CO_2 đi vào và được cố định như các axit hữu cơ như trong các nhà máy C4; ban ngày khí khổng hầu như đóng cửa, ngăn ngừa mất nước và cũng giảm lượng CO_2, nhưng sau đó CO_2 được lưu trữ được giải phóng để cung cấp cho chu trình Calvin. Nói tóm lại: thay vì tập trung CO_2 trong không gian như các nhà máy C4 thực hiện (đưa nó vào các tế bào chuyên biệt), các nhà máy CAM tập trung CO_2 kịp thời, lưu trữ các axit hữu cơ trong không bào trong chính các tế bào trung mô, sẽ được sử dụng sau này. Vào ban đêm, các phản ứng ánh sáng cung cấp ATP và NADPH cho chu trình Calvin không thể diễn ra, nhưng có đủ ATP (do hô hấp thường xuyên) để chạy giai đoạn bắt giữ CO_2 cơ bản. Sau đó, vào ban ngày, khi khí khổng được đóng lại và NADPH và nhiều ATP hơn có sẵn do các phản ứng ánh sáng, các axit hữu cơ được lưu trữ bị giảm và khử carboxyl hóa để tạo ra nồng độ CO_2 cao cần thiết cho hoạt động RuBisCO hiệu quả.
Giống như thực vật C4, thực vật CAM tiến hóa hội tụ nhiều lần. Thực vật CAM chiếm khoảng 7% trong số tất cả các loại thực vật, và không giống như thực vật C4, một số trong số chúng không phải là thực vật hạt kín, và do đó (ít nhất là những cây) đã tiến hóa trước khi thực vật C4 thực hiện. Người ta đưa ra giả thuyết rằng ổ đĩa ban đầu cho quá trình tiến hóa CAM có nồng độ CO_2 thấp: có thể bắt được CO_2 khi các cây C3 không cạnh tranh với nó (vào ban đêm) mang lại lợi thế cho chúng. Chu trình bắt cơ bản của chúng rất giống với chu trình NADP-ME của các nhà máy C4 và chỉ cần một số cách tái sử dụng đơn giản và cải thiện các con đường sinh hóa hiện có trong các nhà máy C3 (hầu hết đều có thể kiểm soát việc đóng khí khổng dựa trên nhiệt độ môi trường). Do đó, người ta cũng đưa ra giả thuyết rằng một số thực vật hạt kín bảo tồn đủ tiền chất và tàn dư của con đường CAM cơ bản để tái sử dụng nó và, với sự phân biệt tế bào phù hợp và các biến thể con đường tiếp theo, đã trở thành thực vật C4.